（一）办公室
1、负责拟定司内工作制度，管理日常办公事务。
2、负责司召开的重要会议及司务会、司长办公会的会务工作和决定事项的催办工作。
3、负责司内公文处理、印鉴管理、文秘、档案、保密和行政事务管理工作。
4、负责司内人事、党务、纪检和监察工作。
5、负责我国政府与外国政府间的海（河）运协定工作及对外联络、国内部门间协调、拟定协定草案、谈判预案、组织谈判、筹备签约等事宜，并监督执行。
6、归口管理司内外事工作，负责司内智力引进、人才和技术交流、培训项目的审核和对外联络。
7、参与拟定我国涉外法规、规章和有关航运政策工作。
8、承办司领导交办的其他工作。
（二）交通部台湾事务办公室
海峡两岸通航处
1、贯彻执行党中央、国务院对台工作的方针政策，在部对台工作领导小组的指导下，归口管理交通系统涉台工作。
2、拟定有关交通对台政策、规划、计划，并组织实施。
3、协调两岸通航业务，会办台湾航商在大陆设立机构及挂靠两岸港口航线准入工作。
4、负责部机关的赴台事务，办理交通系统赴台项目和人员审核工作。
5、归口管理与交通行业有关的两岸学术、技术交流活动；负责部对台宣传工作，组织编辑对台宣传资料，拟定对台发言口径。
6、指导海峡两岸航运交流协会业务工作；负责部机关的对台联络和台湾来访人士的接待工作。
7、承办部对台领导小组的日常工作及上级交办的其他工作。
（三）政策法规处
1、组织研究水运行业发展战略和产业政策；参与水运行业规划、中长期计划的制定和水运体制改革工作。
2、负责起草司综合性文件，拟定司年度工作计划和总结，负责司内核稿工作。
3、负责司内业务综合工作，协调司内、司与其它部门之间的业务工作。
4、指导水运行业信息建设工作，归口管理司内信息系统。负责水运宣传工作。
5、负责水路运输生产形势综合分析及水运行业基础资料的收集、整理和发布工作。
6、归口管理司内水运行业“国标”、“行标”制订和软科学研究项目立项的组织、协调工作。负责水路货运质量管理工作。
7、归口管理司内立法工作，拟定司立法工作程序，并组织实施。
8、拟定水运立法基本框架，负责司内立法工作规划、计划，并组织实施。
9、负责起草、修订有关水运行政法律、法规；参与行政规章的起草工作，负责行政规章的协调和审核。负责有关水运民商关系的法律、法规和规章的起草工作。
10、负责组织司内对全国人大、国务院和其他有关部门征求我部意见的法律、法规、规章草案提出修改意见及汇总工作。
11、负责水运行政执法管理和行政复议的有关工作。根据立法工作需要，开展立法项目的配套课题研究，负责组织水运法规汇编。
12、组织或参与水运立法方面的国际交流活动，参与有关国际公约拟定、修订的工作。负责水运司业务职责范围内的国际合作的协调管理工作。
13、承办司领导交办的其他工作。
（四）运输与安全处
1、负责组织、协调关系国计民生的重点物资、紧急物资、抢险救灾、军运和军贸等特殊物资运输；参与国防动员中有关运输组织工作。
2、负责防汛、抗旱和三峡等重要水域的通航运输组织协调工作。
3、负责暑期、春节、假日旅游及专项客运的组织协调及国际旅游船来华的管理工作。
4、负责交通专项用油的计划、供应和管理工作。
5、负责港口安全生产情况的监督检查，港口安全评估、评价、评审，港口安全事故（船舶事故除外）的统计及案例收集分析与通报。
6、负责水运司业务职责范围内的安全归口管理及应急管理工作。
7、负责水运危险货物运输管理法规的制定工作。
8、承办司领导交办的其他工作。
（五）国内航运管理处（交通部治理水路“三乱”办公室）
1、组织拟定国内水运发展战略、政策、规划，并监督实施。
2、负责拟定国内水路运输行政规章和有关船舶技术政策、标准，并监督实施。
3、负责国内水路运输（客货及水运辅助）行业管理；负责国内水路运输（客货及水运辅助）企业、船舶、航线的管理工作；指导水路运政管理队伍建设。
4、负责水运运力总量和结构的调整，拟定调整政策和措施，并监督实施；负责进口“二手船”的管理工作。
5、承办部治理水路 “三乱”办公室的日常工作。
6、负责国内水路客货运输价格、规费及客运质量的监督管理工作。
7、承办司领导交办的其他工作。
（六）国际航运管理处
1、组织拟定国际海运、海运辅助业和国际物流发展战略、政策、规划，并监督实施。
2、负责拟定国际海运及海运辅助业的行政管理规章和技术经济政策，并监督实施。
3、组织拟定中国加入WTO有关海运服务的政策、措施；参与政府间国际水路运输双边、多边协定和有关国际公约、规则的制订、修订工作及对外海运谈判工作。
4、负责外商投资国际海运、海运辅助企业及外国航商在华设立分支机构和常驻代表机构的管理工作。
5、负责国际海运及海运辅助企业、船舶、班轮航线和国际集装箱多式联运及物流的管理工作。
6、负责内地与港、澳及台湾海峡两岸间的航运管理工作。
7、负责国际海运及海运辅助业价格、规费的管理工作。
8、承办司领导交办的其他工作。
（七）基本建设管理处
1、组织拟定沿海港口和部属单位基本建设项目建设及维护的管理规章，并监督实施。
2、参与沿海港口和部属单位的基本建设规划及投资计划的编制工作和项目的前期工作。
3、组织审查、审批沿海港口大中型基本建设、技术改造项目和以中央投资为主的沿海港口及部属单位的基本建设、技术改造项目的设计，并监督项目的实施，组织竣工验收。
4、负责沿海港口建设的行业管理和水运工程质量管理，负责建设项目招投标的监督执法工作，审批、申报沿海港口以中央投资为主的大、中型及限额以上的基本建设项目及部属单位基本建设项目的开工报告。
5、负责管理、指导和监督沿海港口和部属单位基本建设与技术改造项目利用外资的招标投标、设备采购等工作。
6、办理水运工程设计、施工单位承担境外工程的立项及有关审批事宜。
7、汇总上报港口大、中型建设项目完成情况统计报表。
8、承办司领导交办的其他工作。
（八）工程技术处
1、组织拟定水运工程建设技术法规,负责拟定水运工程建设标准、规范和定额；负责培育规范水运工程建设市场准入的管理，并监督实施。
2、归口管理水运工程新技术、新工艺、新材料的技术开发和成果应用推广工作，负责有关技术交流和科研项目工作。
3、负责水运工程设计计算机辅助设计的管理，并组织审定、登录及推广工作。
4、参与组织国家和部重大科技攻关项目及项目的实施管理和科技成果的鉴定、应用推广；参与大中型水运工程建设项目的设计审查工作。
5、负责水运工程建设、咨询、勘察、设计、造价和施工单位的资质、资信管理工作。
6、负责注册水运结构工程师、造价工程师及施工企业项目经理的个人资质认证管理工作。
7、承办司领导交办的其他工作。
(九）航道处(三峡处)
1．组织拟订航道维护、管理的政策、法规，并监督执行；指导航道管理体制和养护机制改革工作。
2．组织审定、公布全国航道技术等级；负责组织文明样板航道创建工作；负责国境河流航道管理工作；归口管理通航水域公用航道及其维护管理工作；指导地方航道及其维护管理工作。
3．负责航道养护费、船舶过闸费等航道规费的征收、使用管理以及相关办法的制定工作。
4．组织、指导航道养护及航标新技术的推广应用，经验交流，开展航道管理对外经济技术交流与合作和人才培训。
5．归口管理航道通告和航标动态通告发布及内河航道测量、疏浚工作。
6．组织对涉及重要航道跨河、拦河、临河建筑物的通航标准和技术要求的审批。
7．参与协调水资源综合利用中涉及航道管理方面的工作，指导航道自然灾害的防范和治理。
8．负责落实国务院三峡工程建设委员会、部三峡工程航运领导小组对三峡工程航运方面的有关决定，并监督执行。
9，负责提出三峡工程通航标准、技术规定、技术要求等；负责拟订与三峡工程航运有关的科研项目计划及调研工作，并监督实施。
10．负责三峡通航运输及三峡工程建设中涉及坝区航运有关业务的协调工作；归口管理三峡工程通航设施(船闸、升船机)的运行、维护及管理工作。
11．承办司领导交办的其他工作。
(十)内河建设处
1．组织拟订内河航运建设的政策、法规和管理办法，并监督执行。
2．参与内河航运建设发展规划及年度投资计划的编制和建设项目的前期工作。
3．负责国家重点和中央投资、中央投资为主的内河航运基本建设项目设计文件审查(初步设计审批)、开工报告审查以及竣工验收等工作；指导内河航运建设项目的管理、质量监督、招投标工作。
4．负责与地方政府有关部门联合审查中央与地方联合投资的内河航运基本建设项目的初步设计，并监督项目的实施，联合组织竣工验收。
5．负责内河航运工程建设的行业管理；指导内河工程质量管理、建设市场的监督管理和监督执法工作。
6．指导和监督利用外资的内河航运建设项目招投标、质量管理、设备采购、人员培训、项目总结等工作。
7．参与水资源综合利用、水土保持有关航运建设方面的协调工作。
8．负责中德、中法内河航运合作协议的执行，以及内河建设方面的对外交流与合作。
9．承办司领导交办的其他工作。
（十一）港口管理处
1、组织拟定港口管理行政规章、发展政策和技术标准，并监督实施。
2、参与港口发展战略、规划的拟定和港口基础设施建设项目的前期工作。
3、负责港口体制改革工作，研究拟定改革方案，并组织实施。
4、负责港口规费和经营性收费的管理工作。
5、负责港口市场准入、经营行为的行业管理工作。
6、负责引航和理货的行业管理，拟定引航、理货的管理法规，审批引航机构的设置。
7、拟定港口机械设备技术发展政策、技术标准和规范，并监督实施。
8、负责部对外开放水路口岸规划、对外开放港口保税区的审定工作。
9、负责港口对外交流和友好港的审定工作。
10、承办司领导交办的其他工作。
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