首先，由于冻干食品的吸湿性和易氧化性，因此，冻干终了时最好使用干燥 氮气（或二氧化碳等惰性气体）使干燥室恢复常压；通常的做法是使用操作间的干燥洁净的空气来恢复冻干机干燥室的常压，冻干食品取出后，应立刻在干燥洁净的操作间进行包装密封。
冻干食品应保存在密闭容器内，包装材料应不透气、不透光，故一般不用透明包装材料。由于冻干食品易碎，故应采用能防止产品发生机械性损伤的包装材料，如金属罐、玻璃瓶等。此外，运输时应防止机械振动，以保护固体物料的形状。另外，可以使用瓦楞纸、褶皱塑料或泡沫塑料等吸震材料，或添充氮气密封包装，以增加抗震能力。
金属罐成本高，但如果产品要长期储存，则应使用金属罐。也可以使用玻璃容器，如果能使其密封，则效果不亚于金属罐。但玻璃瓶重且透光，故实际生产中，建议冻干食品少采用玻璃瓶，即使采用也尽量使用透光不强的棕色瓶等。
当今铝箔复合袋已取代金属和玻璃容器广泛用于冻干食品的包装。从价格和重量方面看，铝箔复合袋是最理想的包装材料。另外请注意，单层的塑料薄膜由于其高度的透气性和高透光率，使其不适合于当作冻干食品的包装材料。但由于塑料薄膜价格低廉、易热封，铝箔能遮蔽光辐射、不透气，因此铝箔复合袋是目前比较理想的冻干食品包装材料。 因此，冻干食品由于其含有脂及脂溶性成分，而且容易氧化，所以无论采用何种包装材料，一定要把包装袋中的空气抽掉或充惰性气体进行密封包装，尽可能地降低包装袋中的氧含量。 冻干食品的堆积密度较小，如果直接包装，所占体积相对较大，因此对于一些外形无要求的冻干食品，我们可以采取压缩包装的方法，以降低其体积。采用液压技术可以将产品压缩到原有体积的十六分之一，同时高密度的块状产品对昆虫的侵袭具有一定的抵抗力。但是要注意的是，压缩后的冻干食品虽然颜色、营养不变，但其外形完全破坏、有的复水。
总之，冻干食品的储存环节归纳起来要求做到以下几点：
1）采用避光、避辐射、不透气的包装材料进行密闭封装，尽可能的抽真空包装或充惰性气体包装。
2）防止强氧化剂的污染，特别是铜、铁的污染。
3）防震防压以免冻干制品的破碎。
4）储存温度越低越好，最好低于20℃。
