这是个混合销售安装工程，建议做两个合同：
乙方从玻璃幕墙厂直接开给甲方材料款发票40万；这40万的增值税票是可以做为开发成本做为所得税的抵扣项目的；
乙方安装玻璃幕墙工程合同，并持本合同到建筑物所在地税局开据：建安工程发票，交营业税。
一般情况下：增值税业务和营业税劳务可以分开核算的，并分别计算增值税和营业税
这样做是合理合法的，应该没有风险。
玻璃打孔开发票怎么开
1、打开开票软件，并登录进去。
2、依次点击发票管理、发票填开即可。发票是指一切单位和个人在购销商品、提供或接受服务以及从事其他经营活动中，所开具和收取的业务凭证，是会计核算的原始依据。
1、首先打开开发票软件，并登录进去。
2、其次依次点击发票管理-发票填开。
3、最后将所要开具的发票票种选择为专用增值税发票，将项目名称填写为玻璃打孔即可开取。
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