微生物菌剂和生物有机肥从标准含量都不一样，严格说微生物菌剂更加高级一些。
微生物菌剂，用国家标准GB20287-2006的，菌每克大于2亿每克，没有有机质的要求。
生物有机肥，用国家标准NY884-2012，菌每克大于2000万，有机质大于40，就可以了。
菌肥一般配合有机肥，用在底肥上，微生物菌剂，一般可以全部水溶，苗期或者中后期可以冲施。不过这两年，很多企业也做了很多，菌剂用来做底肥。
两者对改良土壤都有作用。
微生物菌肥标准
微生物菌剂对应的标准是《农用微生物菌剂GB20287-2006》，包括农用微生物菌剂和有机物料腐熟剂两大类产品.农用微生物菌剂的主要技术指标是:有效活菌数(cfu)，亿/g(mL)2.0(颗粒1.0)。
法律依据：
《中华人民共和国标准化法》
第二十条国家支持在重要行业、战略性新兴产业、关键共性技术等领域利用自主创新技术制定团体标准、企业标准。
第二十一条推荐性国家标准、行业标准、地方标准、团体标准、企业标准的技术要求不得低于强制性国家标准的相关技术要求。国家鼓励社会团体、企业制定高于推荐性标准相关技术要求的团体标准、企业标准。
第二十二条制定标准应当有利于科学合理利用资源，推广科学技术成果，增强产品的安全性、通用性、可替换性，提高经济效益、社会效益、生态效益，做到技术上先进、经济上合理。
食品安全中微生物检测有哪些国家标准
微生物肥料是含有特定微生物活体的制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。微生物肥料包括微生物接种剂、复合微生物肥料和生物有机肥。
1. 微生物接种剂也叫农用微生物菌剂，国家标准（GB 20287-2006）中规定其3中剂型的有效活菌数分别为：液体大于等于2亿/ml，粉剂大于等于2亿/g，颗粒大于等于1亿/g。
2. 复合微生物肥料（NY/T 798—2004）要求：液体大于等于0.5亿/ml，粉剂大于等于0.2亿/g，颗粒大于等于0.2亿/g。
3. 生物有机肥（NY 884-2012）要求：有效活菌数大于等于0.2亿/g。
你说的情况也有，但是一般不那么标注，因为刚生产出来的产品活菌数多，但是存放一段时间后活菌数就下降了。
GB 4789.1‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 总则
GB 4789.2‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 菌落总数测定
GB 4789.3‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 大肠菌群计数
GB 4789.4‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 沙门氏菌检验
GB 4789.5‐2012 食品安全国家标准食品微生物学检验 志贺氏菌检验
GB 4789.6‐2016 食品卫生微生物学检验 致泻大肠埃希氏菌检验
GB 4789.7‐2013 食品安全国家标准食品微生物学检验验 副溶血性弧菌检验
GB 4789.8‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 小肠结肠炎耶尔森氏菌检验
GB 4789.9‐2014 食品安全国家标准食品微生物学检验 空肠弯曲菌检验
GB 4789.10‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 金黄色葡萄球菌检验
GB 4789.11‐2014 食品安全国家标准食品微生物学检验 溶血性链球菌检验
GB 4789.12‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 肉毒梭菌及肉毒毒素检验
GB 4789.13‐2012 食品安全国家标准食品微生物学检验 产气荚膜梭菌检验
GB 4789.14‐2014 食品安全国家标准食品微生物学检验 蜡样芽胞杆菌检验
GB 4789.15‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 霉菌和酵母计数
GB 4789.16‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 常见产毒霉菌的鉴定
GB/T 4789.17‐2003 食品卫生微生物学检验 肉与肉制品检验
GB 4789.18‐2010 食品安全国家标准食品微生物学检验 乳与乳制品检验
GB/T 4789.19‐2003 食品卫生微生物学检验 蛋与蛋制品检验
GB/T 4789.20‐2003 食品卫生微生物学检验 水产食品检验
GB/T 4789.21‐2003 食品卫生微生物学检验 冷冻饮品、饮料检验
GB/T 4789.22‐2003 食品卫生微生物学检验 调味品检验
GB/T 4789.23‐2003 食品卫生微生物学检验 冷食菜、豆制品检验
GB/T 4789.24‐2003 食品卫生微生物学检验 糖果、糕点、蜜饯检验
GB/T 4789.25‐2003 食品卫生微生物学检验 酒类检验
GB 4789.26‐2013 食品卫生微生物学检验 罐头食品商业无菌的检验
GB/T 4789.27‐2008 食品卫生微生物学检验 鲜乳中抗生素残留检验
GB 4789.28‐2013 食品安全国家标准食品微生物学检验培养基和试剂的质量要求
GB/T 4789.29‐2003 食品卫生微生物学检验椰毒假单胞菌酵米面亚种检验
GB 4789.30‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 单核细胞增生李斯特氏菌检验
GB 4789.31‐2013 食品安全国家标准食品微生物学检验 沙门氏菌、志贺氏菌和致泻大肠埃希氏菌的
肠杆菌科噬体检验方法
GB/T 4789.32‐2002 食品卫生微生物学检验 大肠菌群的快速检测
GB 4789.34‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 双歧杆菌的鉴定
GB 4789.35‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 乳酸菌检验
GB 4789.36‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 大肠埃希氏菌 O157：H7/NM 检验
GB 4789.38‐2012 食品安全国家标准 食品微生物学检验 大肠埃希氏菌计数
GB 4789.39‐2013 食品安全国家标准食品微生物学检验 粪大肠菌群计数
GB 4789.40‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 克罗诺杆菌属（阪崎肠杆菌）检验
GB 4789.41‐2016 食品安全国家标准 食品微生物学检验 肠杆菌科检验
GB 4789.42‐2016 食品安全国家标准 食品微生物学检验 诺如病毒检验
GB 4789.43‐2016 食品安全国家标准 食品微生物学检验 微生物源酶制剂抗菌活性的测定
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