第1步：填表。商事主体申请人填写“三证”联合申请书，并准备齐相关材料交商事登记部门，由商事登记部门统一受理。实现“一表申请”、“一门受理”。
第2步：审核。商事登记部门审核“三证”联合申请材料。“三证”申请经商事登记部门审核后，视为同时经税务部门、机构代码部门及公安部门审核。因审核结果产生异议或有其他问题的，由申请人到所申请证照的对应主管部门办理相关业务后再到网上提交申请。审核通过后，商事登记部门将相关登记信息和办理结果共享至税务部门、机构代码部门及公安部门。实现“一次审核”和“信息互认”。
第3步：领证。经商事登记部门审核通过后，商事主体申请人即可到原组织机构代码登记窗口一次领取“三证”，即：营业执照、税务登记证、组织机构代码证和刻章许可证。实现“三证同发”。
第4步：归档。档案原件由商事登记部门保存，档案影像共享给税务部门、机构代码部门及公安部门。实现“档案共享”。
哪些业务可以以“三证合一”申请模式办理?
1.设立登记业务(包括有限公司、个人独资企业、合伙企业、各类分支机构和个体工商户，不包括企业集团、外国企业常驻代表机构)采用“三证合一”登记模式办理。
2.商事主体的变更(备案)和注销仍按原来登记模式由四个部门分别办理。随着“三证合一”工作的推进，业务范围将逐步拓展。
办理“三证”可以通过全流程无纸化网上办理吗?这是很多人关心的问题，据了解：有些业务可以，有些业务类型暂时不可以。
1.可以通过全流程无纸化网上申请办理“三证”的有：内资有限公司、个人独资企业、合伙企业、各类分支机构和个体工商户的(不包括企业集团、外国企业常驻代表机构)设立登记(需要提交第三方纸质材料的除外)。
2.目前只能选择传统窗口模式办理的有：需要提交第三方纸质材料的。第三方文件是指如前置审批文件、第三方授权书等。
怎样去领取“三证”?
经办人可持本人身份证、数字证书、回执和授权书，或法定代表人(法人企业)、负责人(分公司、分支机构)、投资人(个人独资企业)、执行事务合伙人(合伙企业)或者经营者(个体工商户)持本人身份证、数字证书、回执根据深圳市市场和质量监督管理委员会网上注册系统提示前往指定登记机关办照大厅窗口申请领取纸质四证。
有限公司及其分公司设立“三证合一”业务，经办人可以不受地域限制，自行选择我市各商事登记注册大厅领取纸质三证，个人独资企业及其分支机构设立、合伙企业及其分支机构设立、个体工商户设立的“三证合一”业务应前往辖区分局注册大厅领取纸质三证。
